Shellshock 2: Blood Trails thuộc dòng bắn súng góc nhìn thứ nhất lấy bối cảnh chiến tranh Việt Nam nhưng phần lớn đều mang hơi hướng hư cấu và giả tưởng nhiều hơn phần đầu. Câu chuyện xoay quanh một nhóm biệt kích Trung sĩ Caleb "Cal" Walker chỉ huy, người đã biến mất sau khi được gửi vào vùng rừng nhiệt đới ở Campuchia để lấy một kiện hàng bí ẩn được gọi là WhiteKnight, bị thất lạc sau khi một chiếc máy bay vận tải bị một chiếc chiến đấu cơ của quân đội Bắc Việt bắn hạ. Cal bị mất người của mình cho các nạn nhân đầu tiên của WhiteKnight, nguyên là phi hành đoàn máy bay Mỹ bị bắn rơi. Cal đã bị nhiễm loại virus mà anh không hề hay biết.

Một tháng sau khi sự kiện này, Cal đi ra khỏi rừng một mình, chỉ bị bắt giữ và đưa đến một căn cứ quân đội Mỹ ở vùng Cao nguyên Pleiku. Một người em mới nhập ngũ của Cal là Binh nhì Nathaniel "Nate" Walker do Trung sĩ Jack Griffin phái đến căn cứ để thu thập thông tin về WhiteKnight từ người anh trai loạn trí. Thật không may, Cal đã trốn thoát sau khi giết chết một số binh sĩ trong suốt cuộc tấn công của Quân Giải phóng vào Pleiku. Cuộc tổng tấn công của Quân Giải phóng (thường gọi là Việt Cộng, viết tắt VC) phối hợp cùng quân đội Việt Nam Dân chủ Cộng hòa do Nguyễn Văn Trang sắp đặt, Trang vốn là một sĩ quan Quân Giải phóng được gửi tới để bắt Cal đem về chiến khu nhằm tìm hiểu về WhiteKnight.

Nate, với sự giúp đỡ của Griffin, và người lính Mỹ mà anh gặp trên đường đi phải mau chóng tìm kiếm và săn lùng Cal, di chuyển từ Pleiku đến một ngôi chùa cũ ở Campuchia. Nate còn được giao nhiệm vụ ngăn chặn Nguyễn Trang và các đồng chí của ông tới bắt Cal. Nate trong suốt cuộc hành trình trải qua buộc phải chiến đấu những người bị nhiễm với WhiteKnight, Quân Giải phóng và quân đội Việt Nam Dân chủ Cộng hòa để cuối cùng tìm cho bằng được người anh trai bị mất tích.